Programme des cours 2022-2023
ATTENTION : version 2021-2022 de l'engagement pédagogique
MAGE1010-1  
Biologie et Gestion des eaux I, Microbiologie appliquée des sols et des eaux
Durée :
15h Th
Nombre de crédits :
Master en sciences de l'ingénieur industriel en agronomie, orientation environnement1
Nom du professeur :
Jean-Louis Arpigny
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au deuxième quadrimestre
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Cours théorique (8h)
La notion de qualité microbiologique de l'eau douce sera étudiée au travers des critères suivants :
  • état sanitaire de l'eau destinée à la consommation humaine ;
  • état sanitaire des eaux de baignade ;
  • influence de micropolluants dans l'eau (médicaments, hormones, pesticides) sur la santé humaine et des écosystèmes aquatiques ; métabolisation et dépollution par les micro-organismes ;
  • fréquentation des berges de cours d'eau par le bétail : influence de la qualité de l'eau sur l'abreuvement et la santé du bétail et sur l'autoépuration du milieu aquatique.
L'importance de la flore microbienne du sol sera abordée en soulignant les aspects suivants :
  • rôle des bactéries du sol dans le cycle géochimique de l'azote ;
  • nutrition et protection des plantes par les bactéries de la rhizosphère ;
  • définition des « plant growth promoting rhizobacteria» (PGPR) et utilisation en agronomie ;
  • utilisation de bactéries du sol dans des procédés de bioremédiation.
Cours pratique (8h)
Certains points abordés au cours théorique seront illustrés par des manipulations au laboratoire :
  • analyses microbiologiques d'une eau de surface ;
  • observation de bactéries symbiotiques associées aux racines de plantes de la famille des Fabaceae.
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
  • Mobiliser des savoirs multiples pour comprendre un problème multidisciplinaire.
  • Observer, comprendre et expliquer les rôles des micro-organismes dans divers contextes spécifiques relatifs à l'agronomie : modes de nutrition des micro-organismes et implications dans les cycles de la matière, dans la fertilité des sols, dans l'hygiène et la santé humaine et animale en rapport avec la qualité de l'eau.
  • Maîtriser les techniques de base pour le travail en asepsie, la culture et la numération des micro-organismes et leur observation en microscopie optique.
  • Maîtriser les techniques spécifiques à l'analyse microbiologique de l'eau.
  • Organiser son espace et sa méthode de travail.
  • Planifier et élaborer en équipe les étapes d'un travail.
  • Analyser et interpréter les résultats expérimentaux avec un esprit critique.
  • Communiquer des informations scientifiques oralement et par écrit.
Savoirs et compétences prérequis :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Biologie générale, biochimie structurale et métabolique, microbiologie générale.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Partie théorique :
cours ex cathedra. La prise de notes personnelles pendant les exposés est indispensable.
Partie pratique :
  • exposés introductifs ;
  • activités en laboratoire ;
  • travail individuel et en équipes ;
  • suivi constant de la part du professeur ;
  • discussion individuelle et collective des résultats ;
  • rédaction d'un rapport de manipulations.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride) :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Présentiel.
Présence obligatoire aux séances de travaux pratiques au laboratoire.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Lectures obligatoires :
Diaporamas, protocoles des travaux pratiques et dossier de lectures fournis par le professeur via un ordinateur local et/ou via la plateforme "myhech".
Lectures recommandées :
  • Gobat, J.-M., Aragno, M. et Matthey, W. (2010) Le sol vivant, bases de pédologie - biologie des sols, 3e édition, Presses polytechniques et universitaires romandes.
  • Girard, M.-C., Walter, C., Rémy, J.-C., Berthelin, J. et Morel, J.-L. (2005) Sols et environnement, Dunod, Paris.
  • Pelmont, J. (2005) Biodégradations et Métabolismes. Les bactéries pour les technologies de l'environnement, EDP Sciences, Collect. Grenoble Sciences.
  • Prescott, L. M., Willey, J. M., Sherwood, L. M. et Woolverton, C. J. (2013) Microbiologie, 4e édition française, De Boeck, Bruxelles.
  • Lengeler, J. W., Drews, G. and Schlegel, H. G. (1999) Biology of the prokaryotes, Georg Thiem Verlag, Stuttgart, Germany.
  • Arrêté du Gouvernement wallon du 3/3/2005 relatif au livre II du Code de l'environnement, contenant le Code de l'eau. (http://environnement.wallonie.be/legis/Codeenvironnement/codeeauarrete.htm)
Modalités d'évaluation et critères :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Partie théorique (50 %) :
Examen écrit composé d'un ensemble de questions :
- à choix multiples (pas de notes négatives) ;
- vrai ou faux avec justifications ;
- à réponses ouvertes.
Les notions apprises aux séances de travaux pratiques font partie de la matière de l'examen écrit.
D'une manière générale, la réussite de l'examen demande la mise en relation des différents chapitres du cours et un effort de synthèse, particulièrement dans le cadre des questions à réponses ouvertes.
Partie pratique (50 %) :
La participation à toutes les séances de travaux pratiques est obligatoire.
Evaluation continue selon les modes suivants :
30 % de la note pratique pour l'attitude de l'étudiant :
  • observation de l'implication de l'étudiant dans son travail (ponctualité, assiduité, questions-réponses, organisation, soin, rapidité, compréhension, bonne tenue du cahier de laboratoire) ;
70 % de la note pratique pour les travaux écrits :
  • l'étudiant doit rédiger un rapport sur chaque manipulation.
Lors des travaux écrits (rapports, examen), la rigueur, l'exactitude et le détail bien dosé sont des facteurs importants de réussite. Le soin apporté à l'écriture, à la syntaxe, à l'orthographe met l'examinateur dans de meilleures dispositions.
En cas d'échec en première session, l'évaluation en 2e session consistera en un examen écrit portant à la fois sur la partie théorique du cours et sur sa partie pratique.
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
Partie théorique :
L'étudiant doit se procurer l'ensemble des fichiers informatiques (dossier de lecture, diaporamas illustrant le cours) fournis par le professeur via un ordinateur local et/ou via la plateforme "myhech".
Il est souhaitable que l'étudiant dispose, pendant les exposés, d'une version informatique des diaporamas (tablette, PC portable) ou d'un exemplaire imprimé pour pouvoir compléter les diapositives par sa prise de notes personnelle.
Partie pratique :
L'étudiant doit se procurer les protocoles des travaux pratiques fournis par le professeur via un ordinateur local et/ou via la plateforme "myhech".
Il est indispensable que l'étudiant dispose, pendant les séances de travaux pratiques, d'un tablier de laboratoire, d'un exemplaire imprimé des protocoles de travaux pratiques, d'un carnet de laboratoire (pas de feuilles libres), et du matériel indiqué par le professeur.
Contacts :
MICROBIOLOGIE DU SOL ET DE L'EAU
jean-louis.arpigny(at)hech.be