Programme des cours 2020-2021
ATGA2033-1  
Biologie appliquée à l'agronomie V, Microbiologie appliquée I
Durée :
20h Th
Nombre de crédits :
Bachelier en agronomie2
Nom du professeur :
Jean-Louis Arpigny
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
1. Introduction
Objet d'étude et historique de la microbiologie
Rappel de la distinction entre cellules procaryote et eucaryote ; cette dernière est considérée comme ayant été étudiée au cours de biologie générale
2. La cellule procaryote : structure et fonction
Le nucléoïde, les ribosomes, les corps d'inclusion, la membrane cytoplasmique, la paroi des Gram+ et des Gram-, les flagelles, les fimbriae
3. La nutrition microbienne
Les besoins nutritionnels de la cellule, l'absorption des nutriments, le chimiotactisme, la courbe de croissance et ses différentes phases, les milieux de culture au laboratoire et dans l'industrie de la fermentation
4. Les méthodes de quantification des populations microbiennes
Les méthodes culturales (nombre le plus probable en culture liquide, colonies sur milieu solide), les méthodes d'évaluation de la biomasse (méthodes photométriques, détermination de la matière sèche), le comptage visuel microscopique (cellule de Thoma, cellule de Bürker)
5. Éléments de génétique bactérienne
Le chromosome, les plasmides de différents types (intégratif, conjugatif, de résistance, de virulence, métabolique), la conjugaison, la transformation, la transduction
6. L'omniprésence des micro-organismes
En association avec d'autres organismes, types de symbiose
Les micro-organismes dans l'environnement, le recyclage des éléments nécessaires à la vie
Les micro-organismes dans les aliments, les germes d'altération, les germes pathogènes, les germes nécessaires aux fermentations traditionnelles
Les micro-organismes dans les industries, les fermenteurs, les levains, les productions microbiennes,
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
  • énoncer les grands groupes de micro-organismes;
  • décrire la structure et les rôles vitaux des éléments constitutifs de la cellule procaryote et de son enveloppe;
  • comprendre le mode de nutrition des bactéries et la composition d'un milieu de culture généraliste, sélectif, révélateur;
  • évaluer le développement d'une population de micro-organismes en choisissant les méthodes de quantification appropriées;
  • discerner quelques propriétés génétiques majeures des µ.o., en particulier la plasticité de leur génome et les rôles des plasmides;
  • décrire, exemples à l'appui, les principaux domaines dans lesquels les micro-organismes jouent un rôle majeur: cycles de la matière, nutrition des organismes pluricellulaires, maladies infectieuses, fermentation et altération des aliments, biotechnologies (médecine, alimentation, environnement...).
Savoirs et compétences prérequis :
Prérequis : chimie générale, biologie générale.
Co-requis : biochimie structurale.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Exposé de la part du professeur.
Ordinateur + projecteur, diaporamas, tableau mural.
Prise de notes indispensable de la part des étudiants.
Interactions par questions-réponses au cours de l'exposé.
Mode d'enseignement (présentiel, à distance, hybride) :
Présentiel.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Diaporamas et dossier de lecture fournis par le professeur.
Livre : Prescott, Willey, Sherwood, Woolverton (2013) Microbiologie. 4e édition française, De Boeck
Internet (non exhaustif) :


  • Abrégé de bactériologie générale et médicale, http://www.bacteriologie.net/index.html
  • Microbiologie par l'image, http://www.bacteriologie.net/index.html
  • Portail lyonnais des biotechnologies/microbiologie, http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biotech/
  • Portail Wikipedia de la Microbiologie, http://fr.wikipedia.org/wiki/Portail:Microbiologie
  • Cours de bactériologie générale, http://www.microbes-edu.org/etudiant/anatomie.html
Modalités d'évaluation et critères :
Conformément à la circulaire de rentrée académique 2020-2021, un code couleur a été établi pour l'enseignement supérieur dans le cadre de la lutte contre le coronavirus. Les engagements pédagogiques ont été rédigés sur base du code « jaune ».
Examen écrit composé d'un ensemble de questions :
- à choix multiples (pas de notes négatives) ;
- vrai ou faux avec justifications ;
- à réponses ouvertes.
D'une manière générale, la réussite de l'examen demande la mise en relation des différents chapitres du cours et un effort de synthèse, particulièrement dans le cadre des questions à réponses ouvertes.
L'étudiant ne doit pas mémoriser les noms scientifiques de tous les micro-organismes cités, mais il est tenu d'en connaître un certain nombre, au choix, pour illustrer certaines réponses par des exemples, et de connaître les propriétés majeures des groupes de micro-organismes souvent évoqués (cyanobactéries, entérobactéries, bactéries lactiques, actinomycètes, µ.o. sporulants, etc.).
La rigueur, l'exactitude et le détail bien dosé sont des facteurs importants de réussite.
Le soin apporté à l'écriture, à la syntaxe, à l'orthographe met l'examinateur dans de meilleures dispositions.
ADAPTATION Covid-19 : selon les directives en vigueur au moment de l'examen écrit, celui-ci pourrait se dérouler sous forme écrite et à distance via la plateforme "Teams".
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
L'étudiant doit se procurer l'ensemble des fichiers informatiques (dossier de lecture, diaporamas illustrant le cours) fournis par le professeur via la plateforme « myhech ».
Il est souhaitable que l'étudiant dispose, pendant les exposés, d'une version informatique des diaporamas (tablette, PC portable) ou d'un exemplaire imprimé pour pouvoir compléter les diapositives par sa prise de notes personnelle.
Contacts :
jean-louis.arpigny(at)hech.be