Programme des cours 2016-2017
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Sciences biomédicales 6
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Durée :
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| Microbiologie: parasitologie et virologie : 55h Th Biotechnologie 2 : 40h Th Sécurité et hygiène : 20h Th Méthodologie de la recherche : 15h Th |
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Nombre de crédits :
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Nom du professeur :
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| Microbiologie: parasitologie et virologie : Olivier Waroux
Biotechnologie 2 : Benaissa Elmoualij Sécurité et hygiène : Sandra Florquin Méthodologie de la recherche : Christelle Devillé |
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Coordinateur(s) :
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| Benaissa Elmoualij | |||||
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Langue(s) de l'unité d'enseignement :
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| Langue française | |||||
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Organisation et évaluation :
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| Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier | |||||
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Unités d'enseignement prérequises et corequises :
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| Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme | |||||
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Contenus de l'unité d'enseignement :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Résumé:
Le cours de Microbiologie de 3ème Bac est divisé en 3 parties : virologie, parasitologie et mycologie. La partie Virologie décrit dans un premier temps les généralités concernant les virus : structure, constitution chimique, morphologie, multiplication virale, moyens de défense, techniques de diagnostic. La seconde partie aborde les principaux virus et maladies virales humaines, leurs signes cliniques, leur mode de réplication, leur détection et identification, ainsi que leur prophylaxie. La partie Parasitologie aborde les principaux parasites humains, les maladies associées ainsi que les méthodes de diagnostic utilisées au laboratoire et les méthodes de prévention. Il en est de même pour la partie Introduction à la mycologie. Le cours est complété par des travaux pratiques en biotechnologies - biologie moléculaire appliqués à la microbiologie médicale. Contenu détaillé par chapitre: 1. Introduction 1.1. Introduction générale 1.2. Introduction à la virologie - Virologie générale 1.3. Introduction à la parasitologie - parasitologie générale 1.4.Introduction à la mycologie 1.5. Introduction - Agent transmissible non conventionnel 2. Maladies infectieuses par système 2.1. Peau, muqueuses et phanères 2.2. Système nerveux 2.3. Système respiratoire 2.4. Système urinaire et système génital 2.5. Système digestif 2.6. Les hépatites 2.7. Les maladies systémiques Travaux pratiques |
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Biotechnologie 2
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| Introduction à la biochimie des acides nucléiques :
I-1. Introduction I-2. L'ADN et le séquençage des génomes :Structure moléculaire et classification, Polarité et dynamique conformationnelle. I-3. Les ARNs et la transcriptomique : Structure moléculaire et classification, ARN : molécule reine. Outils de la biologie moléculaire : PCR II-1. PCR de base : mise au point et optimisation. II-2. PCR approfondie : - PCR et chimie de fluorescence - PCR quantitative - PCR en temps réel aspécifique - PCR en temps réel spécifique Veille scientifiques et évolution des techniques de PCR:
IV-1. Modèle PCR de base : RFLP IV-2. Modèle PCR en temps réel avec sonde aspécifique : PCR quantitative IV-3. Modèle PCR en temps réel avec sonde spécifique : PCR SNP IV-4. Comparaison PCR classique et en temps réel IV-5. Veille technologiques et nouvelles techniques de PCR (LNA, MLPA, HRM...) |
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Sécurité et hygiène
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| Orienté vers la biosécurité, ce cours vise à assurer une information correcte des étudiants sur les dangers principalement de nature biologique présents dans les laboratoires de biologie médicale ou de recherche. Il donne les bases pour pouvoir évaluer les risques et donc mettre en œuvre leur gestion. Il informe sur les différents types d'équipements de protection individuels et collectifs présents dans les laboratoires et les pratiques opérationnelles que le technologue se doit de mettre en place pour assurer sa propre sécurité, celle de son entourage personnel et professionnel ainsi que celle l'environnement.
Enfin, un cours est consacré à la sécurité incendie avec la collaboration de l'unité de prévention des pompiers. |
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Méthodologie de la recherche
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| Le cours de Méthodologie de la recherche décrit la démarche scientifique, l'organisation de la recherche scientifique, ses rôles et dérives, la perception des sciences par la société. Il aborde aussi les outils à utiliser en recherche documentaire pour créer une documentation personnelle, la gérer et l'exploiter, de même que pour la lecture et la rédaction de documents scientifiques. Ces notions sont mises en pratique par une recherche bibliographique à l'aide de bases de données, une recherche d'articles à la bibliothèque et sur internet, la lecture et l'analyse d'articles scientifiques en relation avec le sujet du TFE.
Chapitre 1 : Objectifs du cours de Méthodologie de la recherche - Programme du cours Chapitre 2 : Histoire des découvertes et de la recherche scientifique Définition - Qu'est ce que la recherche scientifique ? Un petit peu d'histoire ... - Quels facteurs ont influencé l'avancée des sciences ? Exemples de quelques découvertes La recherche scientifique, pour quoi faire ? La recherche scientifique, comment faire ? Les étapes de la démarche scientifique Les sciences et la société Quel crédit faut-il accorder aux travaux des scientifiques ? Quelques cas malheureux de fraudes Le plagiat Le droit d'auteur Chapitre 3 : Cahier de laboratoire et carnet de stage Le cahier de laboratoire : de quoi s'agit-il ? Quels sont ses rôles et fonctions ? Comment l'utiliser et pourquoi ? Le carnet de stage, comment l'utiliser ? Chapitre 4 : L'origine de l'information et les différents types de publications La communication scientifique écrite Le monde de la communication scientifique Les différents types de documents scientifiques : le livre, le périodique, l'ouvrage collectif, le compte-rendu de congrès, l'ouvrage de références, ... Chapitre 5 : Recherche documentaire - base de données Comment rechercher l'information ? La recherche sur Internet Les outils de recherche documentaire : les opérateurs booléens, les opérateurs de proximité, la troncature et le masque, l'historique La question documentaire Les bases documentaires : - Science Citation Index - PubMed : ouvrir et découvrir PubMed, recherche simple sur PubMed, Que faire face à une quantité ingérable de références, rechercher le nom d'un auteur ou d'un journal, afficher les résultats - ScienceDirect - BioMedCentral - Google et Google Scholar Le bruit et le silence Chapitre 6 : Accéder aux documents A la bibliothèque - Comment trouver un document précis à la bibliothèque ? Bibliothèque de l'ULg, Catalogue des bibliothèques, Cote de rangement, Etat de la collection d'un périodique En "Full Text" sur le Web Plate-forme ORBI Demande de tirés à part Chapitre 7 : Utilisation des documents Structure d'un article de recherche - Comment est construit un article scientifique ? Critiquer l'information : évaluation externe et évaluation interne Chapitre 8 : Rédaction d'un document scientifique - quelques conseils Comment rédiger un article scientifique ? Comment rédiger un TFE ? Comment rédiger la bibliographie : article, livre, TFE, thèse de doctorat, site internet, .... ? Chapitre 9 : Rédaction d'un CV - d'une lettre de motivation |
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Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Définir et décrire les virus et les parasites humains, les maladies associées ainsi que l'ensemble des méthodes de diagnostic et leur interprétation ( 1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6)
Etablir l'approche à envisager pour réaliser un diagnostic microbiologique à partir de différents types de prélèvements en justifiant et argumentant ses choix (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Mettre en place une démarche diagnostique logique pour les différents types d'échantillons pouvant être rencontrés dans un laboratoire de Microbiologie, en basant ses choix sur les avantages/inconvénients/ limites de chaque technique (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Mettre en pratique les connaissances théoriques pour comprendre les analyses et aboutir à un diagnostic (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Evaluer et interpréter les résultats obtenus par les analyses microbiologiques afin d'orienter le diagnostic (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Travailler dans des conditions aseptiques, avec du matériel infectieux (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Réaliser les gestes précis exigés par la manipulation de matériel infectieux et de matériel génétique (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Respecter les consignes de sécurité et d'hygiène (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Rédiger un rapport (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Réaliser les manipulations microbiologiques de manière autonome et en interpréter les résultats (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Suivre un mode opératoire et le mettre en œuvre (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) Appliquer, avec réflexion, les modes opératoires (4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 6.1, 6.2, 6.3, 6.4) |
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Biotechnologie 2
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| Etablir l'approche à envisager pour réaliser un diagnostic moléculaire à partir de différents liquides corporels et différents prélèvements en justifiant et argumentant ses choix
Etablir des approches in sillico par bioinformatique préalable à la mise au point de tests de diagnostic Travailler dans des conditions aseptiques, avec du matériel infectieux Réaliser les gestes précis exigés par la manipulation de matériel infectieux et de matériel génétique Respecter les consignes de sécurité et d'hygiène Travailler suivant les normes QAQC biomol (BSL2....) Evaluer et interpréter les résultats obtenus par les analyses biomoléculaires afin d'orienter le diagnostic Suivre un mode opératoire et le mettre en œuvre Appliquer, avec réflexion, les modes opératoires Choisir la(les) technique(s) permettant de répondre à une problématique précise dans le domaine de la génétique/des biotechnologies. Argumenter ce choix en se basant sur les avantages, les inconvénients et les limites de chaque technique Rédiger un cahier de laboratoire et veiller à sa bonne tenue suivant les normes QAQC |
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Sécurité et hygiène
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| Définir le risque biologique (infections acquises en laboratoire et voies d'infection) dans le but de mieux comprendre l'importance de la biosécurité au laboratoire et de l'adoption de bonnes pratiques.
Evaluer des risques en étant informé sur :
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Méthodologie de la recherche
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| S'approprier la démarche scientifique (1.1, 1.2, 1.3, 1.4, 1.6, 4.1, 4.2, 4.3)
Utiliser correctement et construire un cahier de laboratoire et le carnet de stage (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Sélectionner et utiliser les outils informatiques de recherche documentaire adéquats afin d'accéder à l'information scientifique (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Réaliser une recherche bibliographique à l'aide de bases de données (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Lire, comprendre, interpréter et traduire les textes techniques et scientifiques relevant des spécialités étudiées (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Lire les revues scientifiques en langue anglaise et connaître d'autres sources d'informations que celles de langue maternelle (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Réaliser des recherches de documents scientifiques probants relevant des spécialités étudiées (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Trouver physiquement les résultats d'une recherche bibliographique (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Lire et rédiger un document scientifique (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Faire références à des source bibliographiques et rédiger une bibliographie suivant les normes en vigeur (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) Créer une documentation personnelle, la gérer et l'exploiter (1.2, 1.3, 1.4, 1.5, 1.6, 3.1, 3.2, 3.4, 5.1, 5.2, 5.3, 5.4) |
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Savoirs et compétences prérequis :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Biologie - Microbiologie (1er et 2ème Bac) - Biologie moléculaire, biotechnologie, génie génétique - Immunologie, techniques immunologiques et sérologie - Hygiène (pictogrammes de sécurité, EPI, ES, risques biologiques, ...)
Règles de bonnes pratiques en laboratoire Unités de volume - dilutions - utilisation d'un microscope |
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Sécurité et hygiène
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| Cours d'hygiène et notions de base de sécurité en laboratoire acquises lors des TPs
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Méthodologie de la recherche
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| Outil informatique (Internet, word, Powerpoint, ...) - Anglais - Maitrise de la langue française | |||||
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Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Cours ex cathera | |||||
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Biotechnologie 2
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| Cette formation vise à introduire la biochimie des acides nucléiques et approfondir les principes des techniques utilisées en biologie moléculaire dont principalement la PCR et la RT-PCR. L'étudiant sera amené à comprendre les applications courantes des techniques de PCR ainsi que leurs évolutions.
Cours théoriques : 6h Travaux pratiques : 34h |
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Sécurité et hygiène
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| Cours ex-cathédra
Visualisation de vidéos issues du cours en ligne du gouvernement Canadien: Biosécurité et biosureté en laboratoire https://training-formation.phac-aspc.gc.ca/course/index.php?categoryid=2&lang=fr Exercices de réflexion |
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Méthodologie de la recherche
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| Cours ex-cathedra
Exercices, applications Ateliers, travaux de groupe Observation de pratiques Résolution de problèmes Travaux en autonomie des étudiants Visite de la bibliothèque de la Faculté de médecine |
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Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Présentiel
Activités en laboratoire Observation de pratiques Résolution de problèmes Travaux en autonomie des étudiants |
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Biotechnologie 2
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| Présentiel | |||||
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Sécurité et hygiène
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| Présentiel | |||||
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Méthodologie de la recherche
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| Présentiel | |||||
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Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Grosjean J. et al. (2011) Bactériologie et virologie pratique (2ème édition révisée - De Boeck)
Guillaume V. (2009) Parasitologie sanguine (Biologie médicale pratique - De Boeck) Guillaume V. (2009) Mycologie (Biologie médicale pratique - De Boeck) Guillaume V. (2007) Parasitologie (Biologie médicale pratique - De Boeck) Association française des enseignants de parasitologie et mycologie médicales (2007) Parasitoses et mycoses des régions tempérées et tropicales (1ère édition - Connaissances et pratique - Masson) Prescott L., Harley J. & Klein D. (2003) Microbiologie (2ème édition française - De Boeck) Fleury H. (2002) Virologie humaine (4èmé édition - Connaissances et pratique - Masson) http://www.virology-online.com/presentations/index.htm http://www.microbes-edu.org/ http://bioimage.free.fr/ Kabisa (computer based tutorial for tropical and subtropical medicine) à télécharger sur le site de l'Institut de Médecine Tropicale d'Anvers : http://www.itg.be/itg/GeneralSite/Default.aspx?WPID=513&L=F |
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Biotechnologie 2
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| Ouvrages récents dédiés à la biologie moléculaire | |||||
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Sécurité et hygiène
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| Powerpoints
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Méthodologie de la recherche
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| Document informatif concernant les stages et le TFE (Devillé C. Gillet S.)
Coilot M-M et al (2011) Initiation à la démarche de recherche (De Boeck-Estem) Bochon A. (2010) Le TFE en 101 points (De Boeck) Fragnière P. (2009) Comment réussir un mémoire (DUNOD) Cours de Techniques d'apprentissage de F. Pasleau - Ulg (2009) Pochet B. (2005) Méthodologie documentaire (De Boeck) Ramunni G. (2003) La fraude scientifique dans La revue pour l'histoire du CNRS Colloque international "Science et Société" : discours de clôture de Roger-Gérard Schwartzenberg (2000) Maisonneuve H. (1996) Les bonnes pratiques sont un moyen pour prévenir la fraude en recherche cliniques dans Revue de Médecine Interne Guide de la propriété intellectuelle pour le chercheur (Interface Entreprises-Université) Bases de données sur internet : PubMed (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez), Sciencedirect, Site des bibliothèques de l'ULg, Plate-forme ORBI, ... TFE et rapports de stages (HE Charlemagne) pour analyse Articles scientifiques divers pour analyse |
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Modalités d'évaluation et critères :
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| La note globale de l'unité d'enseignement est une moyenne pondérée des résultats obtenus dans les différentes activités d'apprentissage qui la composent : Microbiologie (45%) - Biotechnologie (33%) - Sécurité et Hygiène (11%) - Méthodologie de la recherche (11%)
L'unité est réussie avec une note minimale de 10/20 pour chaque activité d'apprentissage |
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| Examen écrit comptant pour 100% de la cote. | |||||
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Biotechnologie 2
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| Examen écrit : 70%
Travail annuel (laboratoire, cahier de labo, rapport final de TP) : 30%. Le travail annuel est améliorable entre les 2 sessions suivant un contrat établi entre le professeur et l'étudiant. La présence aux séances de TP est obligatoire |
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Sécurité et hygiène
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| Examen écrit basé principalement sur des analyses de situations pratiques. | |||||
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Méthodologie de la recherche
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| Travail annuel : 100 %
Améliorable d'une session à l'autre (contrat entre le professeur et l'étudiant) |
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Stage(s) :
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Remarques organisationnelles :
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Contacts :
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| b.elmoualij@ulg.ac.be | |||||
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Microbiologie: parasitologie et virologie
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| O.waroux@ulg.ac.be | |||||
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Biotechnologie 2
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| b.elmoualij@ulg.ac.be | |||||
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Sécurité et hygiène
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| sandra.florquin@hech.be | |||||
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Méthodologie de la recherche
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| Christelle Devillé
christelle.deville@hech.be |
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Notes en ligne :
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Sécurité et hygiène
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 | sécurité incendie Présentation du service prévention des pompiers de liège. |
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| support powerpoint au cours oral Diaporama de Stéphanie Schmeitz |
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| transport matières biologiques complément au PP de stephanie Schmetz |
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Méthodologie de la recherche
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| Dias Méthodologie de la recherche 2016 2017 Dias projetées au cours de Méthodologie de la recherche - Bloc 3 |
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| Document informatif Stages et TFE 2016 2017 Document informatif Stages et TFE |
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| Documentations Méthodo Documents pour cours de Méthodologie + Stages + TFE |
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| Notes de cours (partielles) Méthodologie 2016 2017 Notes de cours (partielles) Méthodologie 2016 2017 |
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| Travaux Méthodo 2016 2017 Liste des travaux dans le cadre du cours de méthodologie de la recherche |
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