Programme des cours 2016-2017
ATGA0015-1  
Biologie appliquée à l'agronomie III
  • Biochimie
  • Microbiologie appliquée I
Durée :
Biochimie : 24h Th
Microbiologie appliquée I : 20h Th
Nombre de crédits :
Bachelier en agronomie5
Nom du professeur :
Biochimie : Mehdi El Hour
Microbiologie appliquée I : Jean-Louis Arpigny
Coordinateur(s) :
Mehdi El Hour
Langue(s) de l'unité d'enseignement :
Langue française
Organisation et évaluation :
Enseignement au premier quadrimestre, examen en janvier
Unités d'enseignement prérequises et corequises :
Les unités prérequises ou corequises sont présentées au sein de chaque programme
Contenus de l'unité d'enseignement :
Biochimie
Partie Biochimie El Hour :
Le cours aborde les fondamentaux de la biochimie structurale en décrivant les trois familles de molécules que sont les glucides, les lipides et les protéines. Chacune des familles précitées sera étudiées en détail.
Le cours se poursuit en abordant la digestion, l'enzymologie, la biochimie métabolique.
Enfin le rôle et la structure des acides nucléiques seront abordés. La dernière partie du cours porte sur la biosynthèse des protéines et la réplication de l'ADN
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
1. Introduction
   Objet d'étude et historique de la microbiologie
    Rappel de la distinction entre cellules procaryote et eucaryote ; cette dernière est considérée comme ayant été étudiée au cours de biologie générale
2. La cellule procaryote : structure et fonction
    Le nucléoïde, les ribosomes, les corps d'inclusion, la membrane cytoplasmique, la paroi des Gram+ et des Gram-, les flagelles, les fimbriae
3. La nutrition microbienne
    Les besoins nutritionnels de la cellule, l'absorption des nutriments, le chimiotactisme, la courbe de croissance et ses différentes phases, les milieux de culture au laboratoire et dans l'industrie de la fermentation
4. Les méthodes de quantification des populations microbiennes
    Les méthodes culturales (nombre le plus probable en culture liquide, colonies sur milieu solide), les méthodes d'évaluation de la biomasse (méthodes photométriques, détermination de la matière sèche), le comptage visuel  microscopique (cellule de Thoma, cellule de Bürker)
5. Éléments de génétique bactérienne
    Le chromosome, les plasmides de différents types (intégratif, conjugatif, de résistance, de virulence, métabolique), la conjugaison, la transformation, la transduction
6. L'omniprésence des micro-organismes
   En association avec d'autres organismes, types de symbiose
Les micro-organismes dans l'environnement, le recyclage des éléments nécessaires à la vie
   Les micro-organismes dans les aliments, les germes d'altération, les germes pathogènes, les germes nécessaires aux fermentations traditionnelles
   Les micro-organismes dans les industries, les fermenteurs, les levains, les productions microbiennes, la conservation des souches
Acquis d'apprentissage (objectifs d'apprentissage) de l'unité d'enseignement :
Biochimie
  • Partie Biochimie El Hour :
  • 2b, 5a :
  • Reconnaître les familles principales de composés organiques présents dans les organismes vivants d'après leur formule chimique (glucides, lipides, protides, acides nucléiques)
  • Connaître les propriétés majeures de ces composés (fonctions chimiques, structure moléculaire, localisation dans la cellule)
  • Connaître et comprendre les voies métaboliques essentielles dans lesquelles ces composés interviennent, particulièrement en ce qui concerne la production d'énergie cellulaire ; comprendre les notions de catabolisme et d'anabolisme
  • Manipuler les notions fondamentales de l'enzymologie (cinétique, spécificité, nomenclature, coenzyme)
  • Comprendre et décrire l'expression des gènes : transcription, maturation des ARNm, traduction.
  • 2a, 2b, 3a, 4a :
  • décrire la structure et les rôles vitaux des éléments constitutifs de la cellule procaryote et de son enveloppe
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
  • énoncer les grands groupes de micro-organismes ;
  • décrire la structure et les rôles vitaux des éléments constitutifs de la cellule procaryote et de son enveloppe ;
  • comprendre le mode de nutrition des bactéries et la composition d'un milieu de culture généraliste, sélectif, révélateur ;
  • évaluer le développement d'une population de micro-organismes en choisissant les méthodes de quantification appropriées ;
  • discerner quelques propriétés génétiques majeures des µ.o., en particulier la plasticité de leur génome et les rôles des plasmides ;
  • décrire, exemples à l'appui, les principaux domaines dans lesquels les micro-organismes jouent un rôle majeur : cycles de la matière, nutrition des organismes pluricellulaires, maladies infectieuses, fermentation et altération des aliments, biotechnologies (médecine, alimentation, environnement...).
Savoirs et compétences prérequis :
Biochimie
ATGA0001-1
ATGA0002-1
ATGA0003-1
ATGA0004-1
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
Notions de chimie, de biochimie, de biologie générale.
Activités d'apprentissage prévues et méthodes d'enseignement :
Biochimie
Cours ex-cathedra
Vidéo
articles scientifiques
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
Exposé de la part du professeur.
Prise de note indispensable de la part des étudiants.
Interactions par questions-réponses au cours de l'exposé.
Ordinateur + projecteur, diaporamas, tableau mural.
Mode d'enseignement (présentiel ; enseignement à distance) :
Biochimie
présentiel
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
Présentiel. Voir rubrique précédente.
Lectures recommandées ou obligatoires et notes de cours :
Biochimie
Références Parie Biochimie El Hour :
 
- Lodish et al. (2005) Biologie moléculaire de la Cellule, 3e éd. Traduction française, De Boeck, Bruxelles.
- Stryer, L. (1997) La Biochimie, 4e éd. française, Flammarion, Paris.
- Moussard, C. (2002) Biochimie structurale et métabolique, De Boeck, Bruxelles.
- Raven et al. (2007) Biologie, chap. 9 et 10, 1ère éd. française, De Boeck, Bruxelles.
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
Lectures recommandées
Dossier de lecture fourni par le professeur.
Livre : Prescott, Willey, Sherwood, Woolverton (2013) Microbiologie. 4e édition française, De Boeck
Internet :
  • Abrégé de bactériologie générale et médicale, http://www.bacteriologie.net/index.html
  • Microbiologie par l'image, http://www.bacteriologie.net/index.html
  • Portail lyonnais des biotechnologies/microbiologie, http://www2.ac-lyon.fr/enseigne/biotech/
  • Cours de bactériologie générale, http://www.microbes-edu.org/etudiant/anatomie.html
  • Portail Wikipedia de la Microbiologie, http://fr.wikipedia.org/wiki/Portail:Microbiologie
Modalités d'évaluation et critères :
Biochimie
Examen oral ; 54% de la note de l'UE.
L'AA est réussi si l'étudiant à une note d'au moins 10/20.
Une note comprise entre 8/20 et 9,5/20 impliquera une décision de délibération au sein de l'UE afin de valider ou non cette UE.
En dessous de 8/20, l'AA n'est pas acquis. L'étudiant doit repasser le cours pour valider son UE.
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
Examen écrit composé d'un ensemble de questions :
- à choix multiples (pas de notes négatives) ;
- vrai ou faux avec justifications ;
- à réponses ouvertes.
D'une manière générale, la réussite de l'examen demande la mise en relation des différents chapitres du cours et un effort de synthèse, particulièrement dans le cadre des questions à réponses ouvertes.
L'étudiant ne doit pas mémoriser les noms scientifiques de tous les micro-organismes cités, mais il est tenu d'en connaître un certain nombre, au choix, pour illustrer certaines réponses par des exemples, et de connaître les propriétés majeures des groupes de micro-organismes souvent évoqués (cyanobactéries, entérobactéries, bactéries lactiques, actinomycètes, µ.o. sporulants, etc.).
La rigueur, l'exactitude et le détail bien dosé sont des facteurs importants de réussite.
Le soin apporté à l'écriture, à la syntaxe, à l'orthographe met l'examinateur dans de meilleures dispositions.
Sauf avis contraire du jury de délibération, l'unité sera validée si et seulement si l'étudiant obtient une note supérieure ou égale à 10/20 dans chaque activité d'apprentissage.
Stage(s) :
Remarques organisationnelles :
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
L'étudiant doit se procurer l'ensemble des fichiers informatiques (dossier de lecture, diaporamas illustrant le cours) fournis par le professeur via un ordinateur local.
Il est souhaitable que l'étudiant dispose, pendant les exposés, d'une version informatique des diaporamas (tablette, PC portable) ou d'un exemplaire imprimé pour pouvoir compléter les diapositives par sa prise de notes personnelle.
Contacts :
Biochimie
Mehdi El Hour
mehdi.el.hour@gmail.com
Microbiologie appliquée I
MICROBIOLOGIE APPLIQUEE (I)
jean-louis.arpigny(at)hech.be
Notes en ligne :
Biochimie
Biochimie
notes de cours